中国北京同仁堂（集团）有限责任公司为国有独资企业。目前已形成六个二级集团、三个院、五个直属子公司的主体架构。六个二级集团（含三个上市公司）为：股份集团、科技发展集团、国药（香港）集团、健康药业集团、商业投资集团、药材参茸投资集团；三个院为：研究院、中医医院、教育学院；五个直属子公司为：制药公司、投资公司、生物制品公司、文化传媒公司、中药配方颗粒投资公司。涵盖现代制药业、零售商业和医疗服务三大板块。企业的发展定位是“打造国际知名、国内领先的以中医中药为核心的健康产业集团”。

截至2017年末，集团拥有药品、保健食品等六大类产品2600余种，36个生产基地，105条现代化生产线，一个国家工程中心和博士后科研工作站。集团系统共有零售终端2121家（其中，海外140家）；医疗服务终端（含中医医院、诊所）488家（其中，海外80家）。

同仁堂集团荣获了北京市政府质量管理奖。同仁堂商标获得了“中国商标金奖-商标运用奖”和“马德里商标国际注册特别奖”。